不僅是高企申報本身，還有申報所需資質的申請政策也在不斷變動，企業很少有時間和精力去研究這些五花八門的政策。

高企審查第一階段就是地方科技、稅務部門初審，這里出問題都到不了專家手里。然而許多企業的財務核算并不規范：研發費用含無形資產攤銷金額，財務報表中無無形資產、會計報表沒有研發核算、多個研發項目的研發經費雷同、研發費用大于管理費用等，另外要各類報表數據不一致也是個大問題。想要搞定財務核算，絕對要經歷一番大折騰。

部分企業是純粹為了申報高企而報專利，全部是實用新型，報的專利技術性不強，造成了知識產權與研發項目和產品的關鍵技術完全不搭界。

2016年重點關注科技成果轉化，不僅要求年平均轉化5項以上，還需要將企業的科技成果進行描述，要描述出技術成果是什么，怎么轉化的，應用在哪個產品中，應用的效果如何，是否產生收益，并且做到一一對應，很多企業在此處吃了虧，且不說數量，首先知識產權跟項目和產品嚴重不匹配，明明成果與產品不相關硬要扯上關系，這就很難過關了。

高新技術企業認定申報的項目需要符合高新申報領域的要求，且因為評價指標中對科技成果轉化有數量要求，因此要求企業對研發項目進行科學的設計和安排，一方面滿足實質的高新技術的要求，另一方面也要滿足數量的要求。

對研發項目與產品的技術說明和證明材料的整合與挖掘不到位，在申報過程中出現對產品描述不清，技術性不強，佐證材料五花八門的情況。

科研人員比例不達標、科技研發人員社保未購買、研發人員不滿足183天、人員花名冊的結構不合理、研發機構名稱與管理水平中的文件存在矛盾、研發費用中的研發人員工資與人員花名冊中的人員數量存在矛盾等，都是需要下大功夫整理和調整的。

例如，申報人員不了解最新政策，不能做到整理材料有的放矢；不具備撰寫任何技術資料的能力，不能通過圖文并茂的形式充分展示出企業的技術創新性；資料審核和上傳不嚴格，漏洞百出等。